Por causa de pequenas plantações desenvolvidas nas proximidades do riacho de Santana, surgiu um povoamento que de início chamou-se Varginha. A pequena povoação que ali se instalou, transformou a área em zona voltada para a atividade pastoril, aproveitando a existência de algumas fazendas e as criações de caprinos e ovinos presentes pelas redondezas.
Em 1953, Varginha foi elevado à condição de distrito, com o nome de Rafael Fernandes, numa homenagem a Rafael Fernandes Gurjão, que foi médico, industrial, comerciante e um grande incentivador pelo crescimento da região. Na vida pública foi Deputado Estadual, Interventor Federal e Governador do Estado. Pela Lei nº 2.964, de 21 de outubro de 1963, Rafael Fernandes desmembrou-se de Pau dos Ferros e tornou-se município do Rio Grande do Norte.
Gentílico: Rafael-fernandense
Fonte: IBGE